Pasos hacia la Fórmula 1

En 1999 entró en escena el ex-piloto de Minardi Adrián Campos, que se convertiría en su mánager. Lo ficha como sustituto de Marc Gené en la Fórmula Nissan, en la que Alonso logra 9 poles, 8 vueltas rápidas y 6 victorias que a la postre le otorgaron el campeonato Euro Open Movistar.
De la Fórmula Nissan pasó a la Fórmula 3000 en el equipo Astromega, donde se juntó con pilotos de gran categoría. Alonso obtuvo la pole y ganó en la carrera de Bélgica y quedó segundo en la de Hungría, quedando cuarto en la clasificación general en el año de su debut y único en el que estuvo.