El año 2008 comenzó de forma irregular para el ovetense, ya que consiguió un buen resultado en el Gran Premio de Australia (4º puesto), pero, en cambio, tras una salida mejorable, no consiguió pasar del 8º puesto en el Gran Premio de Malasia y sólo pudo ser décimo en Bahrein. Por lo que se vio hasta entonces, no parecía que pudiera estar entre los mejores pilotos esta temporada, ya que el coche no era lo suficientemente competitivo. Sin embargo, el equipo prometió mejoras para el Gran Premio de España, donde Alonso se clasifica 2º para acabar rompiendo el motor cuando marchaba tercero. En Turquía, pero, confirma la mejoría del R28 y acaba sexto tras una gran salida. En Mónaco, Fernando tiene multitud de problemas bajo la lluvia, además de cometer algún error, y no logra puntuar. En Montreal tiene problemas con la caja de cambios, que junto con un trompo le hacen abandonar. En Magny-Cours, tras una buena clasificación, Alonso sólo puede ser octavo debido a una mala salida y una estrategia errónea. Aun así, logró sumar su 500º punto en la F1. La media del asturiano es de 4,46 puntos por carrera, únicamente mejorada por la de Lewis Hamilton, Michael Schumacher y Juan Manuel Fangio. En Silverstone, Alonso logra un buen 6º puesto, tras realizar un gran trabajo bajo la lluvia. Sin embargo, en Hockenheim, la suerte siguió sin acompañarle y completó un nuevo domingo para el olvido. En el Gran Premio de Hungría, Alonso logra igualar su mejor resultado de la temporada (4º). Sin embargo, en el Gran Premio de Europa de 2008, el asturiano acusa la falta de adherencia del circuito urbano de Valencia y los defectos del R28Kazuki Nakajima (hijo de Satoru Nakajima)le golpeó por detrás en la primera vuelta destrozándole el alerón trasero, por lo que se vio obligado a abandonar. En el Gran Premio de Bélgica, sin embargo, logra un cuarto puesto. En Monza, el piloto español vuelve a protagonizar una gran actuación y repite cuarto puesto. y se queda fuera de la Q3 después de diez carreras.
En el primer gran premio nocturno de la historia, en Singapur, Alonso consiguió la victoria a pesar de salir en el puesto 15º; gracias al buen comportamiento del monoplaza y haber repostado una gran cantidad de combustible justo antes del accidente de su compañero de equipo, el cual hizo que saliera el coche de seguridad, ganando muchas posiciones cuando otros pilotos entraron al pit lane a repostar. Repitió victoria en el en el Gran Premio de Japón, por delante del polaco Robert Kubica (BMW) y del finlandés Kimi Räikkönen (Ferrari). La victoria de Alonso se fraguó prácticamente en la primera curva, cuando los McLaren de Lewis Hamilton y del finlandés Heikki Kovalainen se pasaron de frenada en la primera curva y obligaron a los Ferrari a salirse para evitar la colisión, formándose tras ellos todo un caos. Después mantuvo una dura pugna con Robert Kubica al que entre las paradas de repostaje aventajó en 13 segundos con un ritmo brutal que le permitió ganar con holgura. Alonso culminó su gran final de temporada con un cuarto puesto en China y un segundo en Brasil, lo que le valió para acabar quinto en la clasificación general. Estos buenos resultados en la recta final, y la imposibilidad de fichar aún por Ferrari, le llevan a anunciar su renovación con la escudería para 2009 y 2010, ésta condicionada a los resultados y la posibilidad de ir a la escudería italiana.